Što se nalazi u mikrobiomu hrane koju jedemo?

Istraživači su razvili bazu podataka o "mikrobiomu hrane" sekvenciranjem metagenoma 2533 različite vrste hrane.
Tradicionalno, mikrobi u hrani proučavali su se uzgajanjem jednog po jednog u laboratoriju, ali taj proces je spor i zahtijeva puno vremena, a ne mogu se svi mikrobi lako uzgojiti.

Kako bi se mikrobiom hrane karakterizirao sveobuhvatnije i učinkovitije, istraživači su iskoristili metagenomiku, molekularni alat koji im je omogućio da istovremeno sekvenciraju sav genetski materijal u svakom uzorku hrane. Metagenomika se često koristi za karakterizaciju ljudskog mikrobioma ili za analizu uzoraka iz okoliša, ali dosad nije bila korištena za istraživanje hrane u velikim razmjerima.

Ukupno je tim analizirao 2533 metagenoma povezanih s hranom iz 50 zemalja, uključujući 1950 novosekvenciranih metagenoma. Ovi metagenomi dolaze iz različitih vrsta hrane, od kojih je 65% iz mliječnih proizvoda, 17% iz fermentiranih napitaka i 5% iz fermentiranih mesnih proizvoda. Ovi metagenomi obuhvaćali su genetski materijal od 10 899 mikroba povezanih s hranom, svrstanih u 1036 bakterijskih i 108 gljivičnih vrsta. Slične vrste hrane imale su tendenciju sadržavati slične vrste mikroba. Primjerice, mikrobne zajednice u različitim fermentiranim napitcima bile su sličnije jedna drugoj nego mikrobima u fermentiranom mesu, no među mliječnim proizvodima bilo je više varijacija, vjerojatno zbog većeg broja ispitanih mliječnih proizvoda.

Iako istraživači nisu identificirali mnogo očitih patogenih bakterija u uzorcima hrane, otkrili su neke mikrobe koji možda nisu poželjni zbog utjecaja na okus ili očuvanje hrane. Poznavanje koje vrste mikroba "pripadaju" različitim vrstama hrane moglo bi pomoći proizvođačima, kako industrijama, tako i manjima, da proizvode konzistentnije i poželjnije proizvode.

Razumijevanje mikrobioma hrane moglo bi također imati implikacije za ljudsko zdravlje jer bi neki mikrobi koje jedemo mogli postati stabilni članovi našeg vlastitog mikrobioma. Kako bi istražili preklapanja između mikroba povezanih s hranom i ljudskog mikrobioma, tim je usporedio svoju novu bazu podataka s 19 833 prethodno sekvencirana ljudska metagenoma. Pokazali su da mikrobne vrste povezane s hranom čine oko 3% mikrobioma crijeva kod odraslih i više od 50% mikrobioma crijeva kod novorođenčadi.
Navedeno sugerira da neki od naših crijevnih mikroba mogu biti izravno dobiveni iz hrane, ili da su povijesno ljudske populacije dobivale te mikrobe iz hrane, nakon čega su se ti mikrobi prilagodili i postali dio ljudskog mikrobioma.

Izvor: Cell Press