Osmišljena tražilica za mikrobiotu

Brzo širenje i razvoj tehnologije za sekvenciranje mikrobioma stvorilo je nove prilike za znanstvenike i industrije. No najveću prepreku predstavlja usporedba novih uzoraka s postojećim podacima zbog tek nekolicine načina njihove računalne obrade.

Znanstvenici smatraju da će nova tražilica (MSE) biti kompas za pretraživanje širokog svijeta mikrobiote, u kojem će na brz i učinkovit način moći pronaći strukturalno ili funkcionalno slične mikrobiome.

U odnosu na usporedbu po parovima, MSE tražilica u bazi podataka od 100 tisuća do milijun mikrobioma pronalazi najsličnije po strukturi tri puta brže.

Nadalje, tražilica nudi dva načina mjerenja novih mikrobioma. Prvi je prema novitetu (MNS), a služi za identifikaciju mikrobioma koji se razlikuju od već sekvenciranih. Drugi je prema pažnji (MAS), a služi za identifikaciju mikrobioma koji su slični drugima i kojima su znanstvenici pridali već mnogo pažnje u svojim prijašnjim istraživanjima. Indeks fokusa mikrobioma (MFI) mjeri utjecaj i doprinos jednog uzorka mikrobioma na istraživanje i pronalazak novih.

Ovakva tražilica bit će veliki korak u analizi podataka mnogih budućih istraživanja, a znanstvenici smatraju da će ponajviše koristiti u proučavanju novih, „uspavanih“ mikrobioma koji su zasad još uvijek nedovoljno istraženi, a uglavnom dolaze iz mora ili nastaju interakcijom majke i djeteta.

Izvor: mBio