Ela Lučić

Datum objave: 30. 03. 2020.

Prema podacima istraživača, prva referentna baza podataka koja objedinjuje podatke o vaginalnoj mikrobioti pomoći će u razumijevanju uloge mikroorganizama u reprodukciji i zdravlju. 

Američki tim uspostavio je VIRGO, katalog gena vaginalne mikrobiote koji će pomoći u osmišljavanju rješenja za dijagnosticiranje, prevenciju i liječenje stanja koja pogađaju žene. Predstavlja najdetaljniji prikaz vaginalne mikrobiote i njenu povezanost s ljudskim zdravljem, ističu znanstvenici.

Metagenomsko i metatranskriptomsko profiliranje postaju novi pristupi koji imaju za cilj karakterizirati sadržaj gena i ekspresiju mikrobnih zajednica. Unatoč brzom razvoju i povećanoj tehnologiji sekvenciranja, trenutno znanje o genetskoj i funkcionalnoj raznolikosti mikrobne zajednice još uvijek je ograničeno. To je, dijelom, posljedica nedostatka potrebnih resursa analiza ovih ogromnih skupova podataka. Metagenomski ili metatranskriptomski skupovi podataka obično zahtijevaju velike računske resurse. Tim znanstvenika smatra da je preslikavanje ovih podataka na bazu podataka gena održiva strategija koja zahtijeva manju računalnu potražnju, bilježi manje pogrešaka i pruža referentnu točku za usporedbu podataka. 

Daljnji rad uključivao je analizu 1 507 dodatnih vaginalnih metagenoma, primjećujući veliku raznolikost unutar vrsta i unutar vaginalne mikrobiote. Sekvenciranje gena 16S rRNA omogućilo je temeljni uvid u ulogu vaginalne mikrobiote u širokom nizu uobičajenih bolesti, uključujući bakterijsku vaginozu, infekciju mokraćnog sustava i klamidiju. Međutim, postojala je nezadovoljena potreba korištenja naprednog sekvencioniranja kako bi se izgradio referentni katalog gena vagine, objašnjavaju znanstvenici.

Govoreći o budućim aplikacijama, tim misli da bi VIRGO mogao biti korišten za obradu metaproteomskih skupova podataka kada ta praksa postane uobičajena. Daljnji planovi uključuju i širenje VIRGO baze podataka kako bi se identificirale varijante nukleotida unutar gena. Znanstvenici vjeruju kako će to dodatno olakšati njihovo razumijevanje raznolikosti unutar vrste i evolucijske promjene vaginalnog ekosustava. 

Baza podataka prvenstveno je usmjerena na bakterije s ograničenom uključenošću virusnih i gljivičnih genskih sekvencija. Buduće dubinsko profiliranje tih nebakterijskih mikroorganizama omogućit će stvaranje cjelovitije slike vaginalnih mikrobnih zajednica.

Izvor: Nature Communications

Pošalji prijatelju na email

Komentari